#!/bin/bash

 gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr
 gmx mdrun -deffnm nvt -v
 gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -r nvt.gro -p topol.top -n index.ndx -o npt.tpr
 gmx mdrun -deffnm npt -v
 gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o md_0_10.tpr
 gmx mdrun -deffnm md_0_10 -v
 
 
 

